世界とgive & takeするにはまだ早い

　最近はデータもやることも無限にあって、中長期的に自分が進むべき方向も見えている状態で、しばらくは迷うことなく仕事ができそうだし、研究成果としても（まだ不確実なことがほとんどだけど）まぁ面白い方向に進んでいるのではないかと思う。

　時々「海外には行かないのか？」ということを聞かれることがある。僕は「しばらくは日本で頑張る予定です」と答えるし、実際そう思っている。もちろん、世界の最先端の研究者たちともっと仕事をしてみたいという欲望はある。だけど、今はまだその時期ではないと思っている。

　例えば今、自分の研究費を使って海外の有名研究室に行ったとしても、おそらく自分がgiveするものよりtakeするもののほうが圧倒的に多くなって、どうしても「勉強させてもらいに行く」という感じになる。相手にとっても、takeするものがないのなら受け入れる理由も特になくて、「自費で来るんなら断る理由もないし」というお客さん的な扱いをするしかなくなってしまう。何度も何年も海外に行けるのならそれでも良いのかもしれない。けど、一生海外に住むつもりでない限り、研究人生で海外に行けるチャンス・期間は限られているだろう。

　だから僕はどうせそのチャンスを使うなら、もっと互いにメリットがあるような対等な関係のもとで行ったほうが、効率良く楽しく研究ができるのではないかと思う。昨年スイスに行った時もそれは意識していて、小ネタだけど自分にしか出来なくて、確実に短期間で成果がでる研究ができる場所・方法を選んだつもりだ（実際に今その研究で論文を書いている）。

　客観的に見て、まだペーペーの自分が今外に出て「お客さん」にならないようにするのはとても難しいと感じる。なので今は日本で黙々と実績を溜める時期だと思っている。目指すべきは「世界の最先端で対等にgive & takeできる実績をつける」ことだ。そのためには少なくとももう2,3年は必要だろう。とても長い時間だ。けど今あちこちに飛び出すより、しばらくは水面下で黙々と勉強して論文を書きまくるのが最短ルートだと信じている。毎日のように世界中から論文が出てきて焦るけど、そう言い聞かせながら不確実な未来を待っている。

あと何本論文が書けるのか

　いろんなことに手を出しすぎて手に負えなくなってきている感があると感じる。限界を作るとその限界までしか出来なくなってしまうからできるだけ限界は作りたくないと思っているけど、出来ないことを出来ると思い込んでしまうことには不幸しかない。自分が今やっていることは想像以上に複雑で大変で時間がかかることだと自覚しないといけないのかもしれない。

　今やっている仕事をまとめるのですらこんなに大変で時間がかかっているのに、今後、構想している研究計画の一体どこまで手を付けられるのだろうか。学生の頃は「あれもこれも面白そう」で色々勉強して可能性を広げることに夢中だったけど、こうして実際に成果をまとめるのに必要な労力や時間を実感すると「1回の研究者人生で出来ることって本当に少ししかないのだな」と思う。

　そう考えると、新しいテーマに手を出すのにはかなり慎重にならないといけない。「面白そう」とか「論文になりそう」という程度の理由で目の前のトピックに飛びついていたら、面白くて分かってないことだらけのこの世界では、人生が何回あっても足りない。自分が持っているデータや、自分の能力や可能性、残された時間を総合的に考えて「どれが本当に一番面白くて意味のある問題なのだろうか」ということをしっかり考えたうえで、自分のリソースを投入しなければならない。

　そういう意味で、「自分はあと何本論文を書けるのだろうか」という思考から出発して、自分のやることを考えるべきなのかもしれない。年に1本のペースで1stの論文を書き続けるとして、自分が30代の間に書けるのはあと10本だ。その10本をいかにして面白くて意味のあるテーマに捧げるべきか。そう考えると、ふと「これ面白そう」と思いついた程度のテーマに気安く手を出すべきではなく、それにリソースを割くことによって失われる多くの可能性のほうに目を向けたうえで、「本当にこれは我が研究人生を代表する論文の一つにふさわしいテーマか」ということをじっくり考えなければいけないのだと思う。

　本当に、人生でできることは思っていたよりちょっとしかない。自分の限界を認めないほうが良いのは若い間だけで、残りの人生の戦略をしっかり立てるためにも、冷静に自分の限界を設定すべき年齢にもうなっているのだと思う。

　・・・とここまで書いて「やっぱり自分は研究者らしくないな」と思う。そこに興味や情熱がないからだ。本当に自分の研究対象が好きで、そこに強いこだわりがあるのなら、こんなことを悩まなくとも今自分がやっていることに自信をもって取り組めて前に進んでいけるはずだ。僕は結局「研究」という行為やシステムが好きだ（というより「向いている」）から続けているのであって、研究対象自体にそこまで愛情や情熱があるわけではない。テーマが何であれ、研究ができるのであれば僕はそれを楽しめると思う。だから、最近改めて見せつけられている研究業界で生き残る難しさと、最近の自分自身への研究テーマや将来への自信の無さが組み合わさって、ついこういう厄介なことを考えてしまう。

3年経った

無事学位を取得しました。これで僕は学部・修士・博士と3回京都大学を卒業したことになる。途中で3年間会社員生活を挟んでいるけど、2006年に入学したのはもう12年も前で、本当に長い時間が経ってしまったのだと感じる。学位授与式の最後に「今日は本当におめでとうございました」と締めくくられて皆が席を立った瞬間、「これでもう大学で学生としてやれることは本当に何も残されていないのだな」ということを少し感慨深く感じて、つい「終わった・・・」と声が漏れてしまった。

　これまでの人生、僕は常に3年刻みで環境を変えて生きてきた。中学3年、高校3年、大学学部3年(京都)、研究室配属～修士まで3年(滋賀)、会社員3年(東京)、博士課程を3年(滋賀)、そして次の学振PD(つくば)も最大3年の予定だ。3年というのは自分にとって、納得感を持って次の環境に移るのに必要な期間でもあり、これまでの自分を振り返る節目であるし、今後の自分のことを考え直すきっかけでもある。

　今回の学振PDの受入先は、できるだけ自分の視野を広げることができるよう、あえてあまり専門が近すぎない、かといって違いすぎると意味がないのでちょっとは共通点があるような場所を選んだ。受け入れてくれた方々には本当に感謝しているけど、正直自分の中でもこの選択がどれくらいうまくいくのかは未知数だと思っている。しばらくはこれまでにやってきた自分の仕事の論文を書くので手一杯になりそうだし、今後どれだけラボの特色を生かした仕事やメンバーとの共同研究ができるのか、ここで自分の立ち位置はどうなっていくのかという点については、まだ不安が多い。

　その不安の原因を根本まで突き詰めていくと、結局今自分に余裕がなく、あまり先のことまで考えることができていない、ということになるのだと思う。本格的に環境メタゲノムの研究を始めて、これまでとはデータの量も扱い方も大きく変わった。今まで経験したことのない状況の中で、次々とライバルから論文が出てくるなか、中々分析が前に進まず、論文が書けるのか不安で、焦る日が続いている。

　新しい環境は色々な分野の優秀な研究者がいて、互いに敬意を持って接していて、相談したり刺激を受けたりできる、素晴らしい場所だ。そこで周囲のメンバーと自分を比較し、改めて「これまで自分が面白い・重要だと思って取り組んできた課題は、本当にそれだけの意味があるのか？」「残りの人生でできることは限られている中で、自信をもって取り組むに値するテーマなのか？」ということよく考える。京大から初めて飛び出して、一人自分のテーマを持って来た自分は今、これまでやってきた自分の研究への価値観や自信が揺さぶられていて、その固さが試されていると感じる。

　そんなせっかくの3年という節目にありながら、相変わらず目の前の仕事でいっぱいいっぱいな毎日で「このままではいけない」という気持ちと「とにかく目先の論文書きを終わらせないと何も始まらない」という気持ちが入り混じる中、新しい環境の刺激の多さをまだしっかり受け止め切れていない、というのが引っ越して2週間たった今の現状だ。

もう一歩踏み込んだ研究をしたい

　公聴会を1月に終えてから2ヵ月。しばらく手を付けられていなかった手元のデータの分析に本格的に取り組んでいる。その間にも次々と新しい論文が発表されて状況が変わっていくし、自分のデータからも色々と面白い発見が出てきて、すでに2ヵ月前に公聴会で発表したことが古い情報のように感じる。世の中が速くなりすぎたのか、単に自分が遅すぎるのか分からないけど、相変わらず「追いつくのに必死」な毎日だ。それでも少しだけ、世の中のスピードよりも自分が追いつくスピードのほうが速いような実感もあって、ちょっとずつ「論文になっていない本当の最先端」に近づきつつあるような感触もある。本当に「追いついた」と自信を持って言うにはまだ何年もかかりそうだけど。

　自分の研究の蓄積も増えてきたことがあって、他の研究者との情報交換や共同研究の機会も最近増えてきた。そこで気付かされるのが「もう一歩先に行こうとする貪欲さ」だ。僕はこれまで発表してきた論文に記載的な研究が多かったこともあって、「これで十分な論文にできる」と感じるハードルが低くなっていたのかもしれない。自分が設定した研究のゴールに対して、共同研究者から「そのデータがあれば、もう少し分析を深めて、もっと面白いことが言えるんじゃないか？」という提案をもらって「確かにその通りだな」と納得することが数多くあった。前回の記事でも書いたけど、学位とか就職のために「とにかく成果を論文にしなければ」という思いが先行しすぎて、「もう一歩先を見ようとする貪欲さ」を忘れてかけていた、もっと言うと、無意識的にその面倒な作業を避けていたのかもしれない、とも思う。学位もとれたし、就職の不安も短期的には無くなった今、自分も意識を変えて

論文になる成果が出るのは当たり前で、そこから一歩先、その先にどれだけ踏み込めるのか

が重要なのだと自覚しなければと思った。

　ただ、そうはいっても自分はまだ3本しか1stで論文を出せていないし、まだまだ「論文が出せるのなんて当たり前」と言えるようなレベルにはない。自分が扱っているデータが巨大で複雑になってきたこともあるのかもしれないけど、むしろ「論文を書くのってこんなに大変だったっけ？」と思わされることの方が最近多かったりする。でも、だからこそ、せっかく書く論文一本一本のテーマをしっかり吟味したうえで（無駄打ちしないようにやらないことを選んで）、徹底的に踏み込んだ内容にすべきなのだと思う。

　3年勤めた会社を辞めてから3年が経って、研究に戻ってからの期間のほうが長くなった。もはや会社員だった自分を想像することも出来なくなってきているけど、改めて思い返すと、僕が会社員を辞めた理由の一つは「こだわり抜くことが正解にならないことが多い」ということだった。費用対効果が求められるビジネスでは当たり前の事なのだけど、必要とされる水準以上にこだわって深掘りした成果は、本人の納得感と引き換えに生産性を下げ、時には損失や害悪にもなる。一方、研究で過剰品質が問題になることはない。どれだけ深掘りして、徹底的に納得いくまでこだわって出した成果であっても、それがちゃんと評価される。そのことを、これまでの自分の短い研究キャリアの中ですら何度も目の当たりにしていて、自信を持って実感できている。

　せっかく「こだわることが許される」業界にいる。だから、もっと自分の成果にこだわりを持たないともったいないと思う。つくばに引っ越してきて、来週から新しい環境で研究をスタートさせることになる。これを機に自分の気持ちも新たにして「もう一歩踏み込んだ研究」が出来るように頑張りたい。

「自分が本当に明らかにしたいこと」は何か？

博士論文提出と公聴会を終え、8月の海外渡航以来ずっとバタバタしていたのがようやく一段落。溜まっているデータを論文にする作業にようやく手を付けている。次の論文を出すまでに時間がかかりそうなことは想定済みのことではあったけど、1年近く論文が書けていない時期が続いていたので、ここからはペースを上げていきたい。今はスイスでやった小ネタと、去年の夏に学会発表した琵琶湖ウイルスの大ネタ、それにPacBioを使ったアンプリコンシーケンスの新ネタの3本の論文を優先的に進めている。琵琶湖メタゲノムに関しては仮説を検証する実験の準備を進めているところで、アルプスの湖や池田湖・富士五湖で採ってきたサンプルのメタゲノムも、もうじきシーケンスデータが上がってくる。ラボのプロジェクトで進めている国内外の湖の追加調査でも論文に出来そうな結果が得られているのだけど、全然手が付けられていない・・・この1年は、新しいことをするよりも、進行中の仕事を終わらせてアウトプットを出すことに注力したいと思う。今年は論文がたくさん出せる年になりそうだ。

　ただその一方で、これからは「量よりも質」の姿勢をもっと出していかねばならないとも最近思う。その背景には、今自分が手を出している仕事の量があまりに多くて、一つ一つ丁寧にこなしきれていない自覚があるということもある。だけど一番大きな要因は、4月からのポスドクのポジションが得られて一安心できたことにあると思う。思えばここまでの研究生活、「早く良い論文を出すこと」で常に頭が一杯だった。もちろん、質の高い研究をしてきた自負はある。だけど、その研究は

いかに「効率よく」良い論文を出して生き残るか

という動機に支配されていた。特に僕は「頑張ったもの負け」だった会社員の世界から研究に戻ってきたこともあって、

効率良く成果を出す努力が業績という形で評価されて生き残りに直結する

というシステムの明快さそのものを楽しんでいたところすらあったように思う。だけど今、いよいよ学位を取って、任期付きではあるけれど研究者として認められて職が得られて、生き残れるかどうかの心配が少しだけ頭から離れるようになって、改めて考えるのは、

生き残りゲームで生き残るために研究をしているのではない。何のために研究をしているのだっけ？

ということだ。元々自然が好きだったとか、物事を根本から突き詰めて考えるのが好きだったとか、自分が研究に求めていたモノがあったはずなのに、いつの間にかそういう目的を思い出せなくなってしまうくらい、生き残ること、つまり効率的に論文を出すことが目的化しまっていて、論文にしやすい研究、論文にしやすいストーリばかりに目が行くようになっていたように思う。この夏の国際学会でポスター発表をしたとき、とある大物研究者から「君はその研究を楽しんでいるのか？」という質問をされて、「もちろんです、なぜそんな質問をしたのですか？」と聞き返して「いや、聞いてみたかっただけ」と言われるやり取りがあったのだけど、もしかするとあの時「成果を上手く魅せる」ことに必死だった自分が見透かされていたのかもしれない、と今になって気が付く。いつの間にか、自分のやりたいこと、知りたいことを純粋に追いかけているとは言い難い状況になっていたように思う。

　もちろん、お金を貰って研究している以上は仕事であり、成果を出す必要があって、論文にならない無計画な研究や、ビジョンの無い趣味のような研究をしても良いということではないと思っている。「お金がもらえるのは当たり前ではなく、そこにもっと責任とプライドを持つべきだ」という研究に戻ってきた当初に感じた違和感はずっと持ち続けておきたい。

　でもじゃあ、「研究者は何に対してお金を貰っているのだろう」ということを考えると、それは「明らかにすべきことを明らかにすること」に対してであるはずで、「論文を量産して生き残ること」に対してではない。知りたい真実に迫るために必要なのであれば、それがたとえ論文になりにくい道であっても、進まなければならない。成果は目的ではなく、真実を明らかにするための手段でなければならない。そして、手数をかけて真実に迫った研究はちゃんと評価される。幸いにも、今はそれを信じられる。だから、加熱しすぎた業績への執着を冷まして、忘れかけていた「自分が本当に明らかにしたいこと」を明らかにするために、もっとこだわって、もっと楽しんで、研究を進めるようにしていきたいと思う。

　先にも書いたけど、論文という客観的な成果でパフォーマンスが評価される研究者は、努力が正直に報われる蓋然性が高い、すばらしい職業だと僕は思っている。ただ問題はあまりの競争の厳しさに、生き残ることで頭がいっぱいになってしまうことだ。そして激しい競争の末に運よく生き残ったとしても、そんなに良い待遇が得られるわけでもない。僕は会社員を経験して、世の中で「どれくらいの能力があり、どれほどの成果をあげている人が、どのくらいの給料を貰っているか」という例を色々と見てきたけど、（基礎研究の）研究者ほど能力や成果に対して対価が低い職業はなかなか無いと思う。まぁ実際に儲からない（儲かるかどうかわからない）ことをやらせてもらっているのだし、誰かが辞めたところで、同じ給料で働きたいという人は山ほどいるのだから、それはしょうがないことだ。でもだからこそ、考えなければいけないのは、

こんなに儲からなくて厳しい環境で仕事をしているのだから、どうせならデカいことをしなければならない

ということだと思う。夢中になるべきは、目先の生き残りゲームではなくて、人生を賭して追いかけているはずの「自分が本当に明らかにしたいこと」であるはずだ。

Rでのtsv読み込み、pdf書き出し

何度もやっていることなのに久しぶりにやるといつも忘れているので備忘で書いておく。

色々な宗派があるけど、僕はRで論文のFigを作る時、tsv(タブ区切りテキストテーブル)で保存したデータをRで読み込んで図を作って、pdfで保存、イラストレーターで編集する方法を使っている。

■tsvをデータフレームとして読み込む方法

read.table(file="ファイル名.tsv", sep="\t",
           header=T       #1行目を列名として取り込む場合
           row.names=1    #1列目を行名として取り込む場合
           )
#ちなみにread.delimを使えば header=T, sep="\t", quote="\"", dec="." がデフォルトで設定されるので、一般的なtsvならこちらのほうが便利

■データフレームをtsvに書き出す方法

write.table("データフレーム名", file="ファイル名", sep = "\t", 
             na="",        #NAを空白にしたい場合
             row.names=F #列名（ヘッダ行）のみ残す場合。行名・列名いずれも残したい場合は row.names=T, col.names=NA
             quote=F  #ダブルクォーテーションを出力しない
             )

■作図結果をpdf/epsで書き出す方法

graphics.off() # 不要な作図デバイスが残っているとエラーになるので消しておく
pdf(file="ファイル名.pdf", width=210/25.4, height=297/25.4, family="sans",useDingbats=F) 
#A4サイズ、sansフォント、pdfで出力する場合。
#ちなみにepsで出力したい場合はpostscript(file="ファイル名.eps",width=210/25.4, height=297/25.4) で同じように出力できる
#複数の作図関数を入れることで複数ページのpdfを作成できる

#######################################
###############作図の関数###############
#######################################

dev.off() #作図デバイスを閉じる

useDingbats=Fは、プロットの点をフォント化するのを防ぐためのオプションで、デフォルトの設定だと、プロットのポイントがオブジェクトではなく文字「●」で出力されることがあって、フォントの設定によっては、編集しようとIllustratorで開いた瞬間に点の位置がわずかにずれるということが起こるので、それを防ぐために設定する。epsの場合はこの設定は必要ない一方で、長い文字列が二つ以上のオブジェクトに分割されてしまう現象が頻発して、編集するときに不都合な場合がある。
ちなみにこの方法だといちいち出力したpdf/epsを開かないと図を確認することができないのだけど、pdf()のところを

win.graph(width=15, height=10)

と変えれば指定したサイズのウィンドウが立ち上がるので、アウトプットを確認しながら作業を進めることができる（windowsの場合）。
さらにそこから

dev.copy2pdf(file="ファイル名.pdf") #pdfの場合
dev.copy2eps(file="ファイル名.eps") #epsの場合

とすることで、作図ウィンドウ上の図をepsに保存することもできる。
ただこの方法だと、ウィンドウサイズの違いで微妙にずれたり、表示されたりされなかったりする部分の制御が難しいので、win.graph()は作図内容の確認にとどめて、本番の出力はpdf()を使うほうが良いと思う。

池田湖調査

　鹿児島県の池田湖に水を採りに来ている。調査日はたまたま寒い日で期待していたような暖かい天候ではなかったけど、この時期でも湖の表層の水温が１８℃もあって、水温躍層がまだ２５ｍで、やはり南国の湖なのだなと感じた。

　最大水深は233m。もちろん今回も深層の水がターゲットで、この水深だと手で採水するのはタフすぎるので、電動リールを使って採水を行っている。

　池田湖は水深が深いことと、温暖な地域に位置することから、水が深層までしっかりと混ざらず、水深150m以下は貧酸素状態になっている。躍層直下の50m付近はしっかりと酸素があるので、鉛直的に水を採ることで、様々な溶存酸素濃度の深水層をターゲットにすることができる。これまでの研究で好気的な層ではCL500-11やMGI(アンモニア酸化古細菌)など、おもしろい細菌が優占していることが分かっていて、今回はさらに採水量を増やして彼らのメタゲノム分析を行うとともに、前回は調査できなかった、微酸素・貧酸素の水層まで調査を行うことが目的だ。池田湖は有酸素の深水層が出現する湖としては温暖な地域にあって、深水層の水温（11～12℃）も他の湖と比べるとかなり高い。今回得たサンプルは早速年度内にシーケンスにかける計画になっていて、前回得られなかった貧酸素層の細菌群集の分析や、他のより寒冷な地域にある湖との比較によって、生態・進化的に面白い発見ができないかと考えている。結果に乞うご期待です！