何度もやっていることなのに久しぶりにやるといつも忘れているので備忘で書いておく。 色々な宗派があるけど、僕はRで論文のFigを作る時、tsv(タブ区切りテキストテーブル)で保存したデータをRで読み込んで図を作って、pdfで保存、イラストレーターで編集す…

鹿児島県の池田湖に水を採りに来ている。調査日はたまたま寒い日で期待していたような暖かい天候ではなかったけど、この時期でも湖の表層の水温が１８℃もあって、水温躍層がまだ２５ｍで、やはり南国の湖なのだなと感じた。 最大水深は233m。もちろん今回も…

2か月半の海外生活から帰ってきた。出発前は「一人で飛び込んで行って、果たして相手をしてもらえるのだろうか」という不安でいっぱいで、「迷惑をかけたり、嫌な目にあったりせずに無事に帰ってこられればそれでいいや」というくらい弱気だったのだけど、終…

スイス滞在も残り1週間。毎日が新しいことだらけで、本当にあっという間に時間が過ぎるし、色々と経験できている。今回の滞在をサポートしてくれている京大教育研究振興財団には改めて感謝したい。そんなこんなであまりに慌ただしい毎日でだいぶ時間が経って…

ザグレブで開催されていたSymposium on Aquatic Microbial Ecology (SAME)に参加しておりました。 この学会は2年に1回の頻度でヨーロッパで開催されていて、前回のウプサラ大会、それからその2回前の2011年のロストックでの大会に引き続いての参加。この学会…

チューリッヒに到着して1週間。少しずつ慣れてきて、具体的な研究の話も進みはじめた。自分がこれまでやってきた仕事を見せて最先端の研究者達からコメントを貰えることで、自分の研究のレベルを客観的に知ることが出来るし、何よりも鳥肌が立つくらい楽しい…

関西空港におります。 これから11月2日まで、2ヵ月半ほどヨーロッパに滞在予定。早めに海外に滞在して研究する経験を積んでおきたいと2年くらい前から画策していたのだけど、今回有難いことに京都大学教育研究振興財団から渡航費用を支援いただけることにな…

新しい論文が公開されたので紹介。 ざっくりいうと、 淡水湖の深水層がオモロイ細菌の宝庫であることを報告 した論文。 僕は修士時代の研究で、琵琶湖深層に独特の細菌系統「CL500-11」が大量に生息していることを報告した。それ以降、 淡水湖の深層は未知の…

今日から新年度、博士課程も残り１年を切った。会社を退職して研究に戻ってきて２年、ここまでは研究の勘を取り戻すことに必死だったけど、だんだんこの生活が当たり前になってきて、良い意味でも、悪い意味でも、緊張がほぐれてきた気がする。 研究に戻って…

今日は琵琶湖調査の日。昨日までの大雪で北湖は沿岸から真っ白。今年は去年よりも雪が多くて寒いように感じる。 全層循環が完了して、表層から深層まで酸素たっぷり、水温は表層から湖底まで7.9℃で均一な状態。透明度は7.9mと高くなっていて、ずっと優占して…

2017年の琵琶湖初め。先週末から続いていた冬の嵐で延期が続いていたけど、ようやく出ることができた。朝の気温は−3℃。船着場はスケートリンク状態で、ロープが凍った雪に埋まってしまっていた。 比良山も真っ白。12月に雪が少なくて苦戦していたスキー場も…

世の研究者たちはFASTAファイルのハンドリングにはどのようなツールを使っているのだろうか。 長さでソートしたい 特定の文字列を持つものだけ抽出したい 名前だけ抽出したい 名前を置換したい/通しで付け直したい でかすぎるファイルを分割したい ランダム…