yokaのblog

湖で微生物の研究してます

NGS現場の会 3日目

5日間の学会ラッシュも今日が最終日。NGSって本当にあらゆる分野で、爆発的な勢いで新発見を生み出していると感じた。別件のついでで急遽行くことにしたのだけど、参加してみて良かった。次はちゃんとデータを揃えて発表したい。 今日の個人的ハイライト、以…

NGS現場の会 2日目

今日は昨日以上に近い分野の研究発表が多く、有意義な1日だった。学会で他の研究者と話すことのメリットって、大きく3つあると思う。 ①自分の想像の上限が引き上げられる ②研究の問題設定の明確化・精緻化ができる ③知見を交換し、コラボ研究の可能性を模索…

NGS現場の会 1日目

今日からはバイオインフォ周りの情報収集を目的に、つくばでやっている「NGS現場の会」という学会に参加。今日は初日なので半日だけだったけど、規模も大きくて、勢いのある学会ってこんな感じか!という熱気が伝わってきて楽しかった。 僕の研究では、環境…

環境バイオテクノロジー学会 2日目

昨日に続いて環境バイオテクノロジー学会。昨日もなんとなく感じていたことだけど、研究対象が深刻な汚染(高濃度・高毒性・難分解)だったりするので、 ・環境中に栄養を撒く ・環境中に微生物を撒く ・遺伝子を組み替えた生物を使う といったことに対して…

環境バイオテクノロジー学会 1日目

今週はずっと関東出張中。僕は所属としても生態学の研究所にいるし、自分の研究のルーツも一応「生態学」にあると思っているけど、今後は「微生物学」寄りな知識や技術も身につけていきたいと思っていて、今年は情報収集をしに他分野の学会にも参加してみよ…

48連でCARD-FISH

顕微鏡下で細菌を種類ごとに染め分けることができるCARD-FISH染色。便利なんだけど、実験の手数が多くてかなりめんどくさいです。 48wellで培養しているサンプルを一つずつFISHで確認するのに発狂しそうになっていたので、48連のメンブレンブロッターを応用…

研究での仲間の作り方

会社員人生を経験して、思いを強くしたことの一つに 仕事へのモチベーションやアウトプットの質は、「何をやるか」でなく「誰とやるか」で決まる というのがある。仕事の中身に興味を持てるかどうかよりも、一緒に仕事をする仲間と気が合うかどうかが、楽し…

深海の微生物とその役割

深海の微生物と物質循環に関する約30ページの大作レビュー、ようやく読み終わった。 Microbial oceanography of the dark oceans pelagic realm, Limnol. Oceanogr., 54(5), 2009, 1501-1529 僕の研究では、湖の深層で得られた知見を、深海の研究に拡大して…

研究者は「好きなことできてるんだから給料安くてもしょうがない」という認識をもつべきでない

2つの意味で。 一つは 「好きなこと」じゃなくて「世の中の役に立つこと」という認識をもつべき という意味で。世間は「科学で生活を豊かにしたい」というモチベーションで、貴重な税金を研究者に託してくれている。それを世間に還元するという意識を持つの…

Chloroflexi門・Anaerolineae綱の細菌

僕が研究対象にしている細菌は、Chloroflexi門Anaerolineae綱という分類に属する。門レベルでも綱レベルでも、分子系統での多様性が高く、色んな環境から出てくるくせに、ほとんど単離株が取れていない、謎の多い分類群だ。この分類群について知るのに、とて…

びわこ

今日は月例の琵琶湖調査でした。ここ最近の蒸し暑さが急になくなり、最低気温13度、ちょっと手がかじかむ寒さ。表面水温は20度で、水をくんで手を入れたら暖かい。 透明度は10 m。優占植物プランクトンはStaurastrumでした。 雨が降る前に帰ってこれてよかっ…

良い学術論文の書き方

Youtubeで面白い動画を見つけたので共有。 How to Write a Great Research Paper - YouTube Microsoft ResearchのSimon Peyton Jones教授の授業の動画で、「良い学術論文の書き方」をレクチャーしている。 コンピューターサイエンスの研究が例になっているけ…

パーマネントより報酬を

iPS細胞研究所の9割有期雇用 山中教授「民間企業ならすごいブラック企業。何とかしないと」 奈良で講演 - 産経WEST ちょっと前に話題になっていた記事。iPS研ですらこうなんだから、もっと基礎な研究領域の状況は推して知るべし、だ。アカデミアにいれば…

次世代シーケンスデータベース(SRA)の見かた

備忘的な内容もこの日記に書こうと思うよ。 今日は次世代シーケンス(NGS)のデータベースであるSRA(Sequence Read Archive)のデータ構造について勉強していたので、おさらいメモ。 データベースはどこ? データベースの本体はDDBJ(DNA Databank of Japan…

研究者としてのストーリー

僕が今まで読んだ中で好きな本の1つに、「ストーリーとしての競争戦略」という本がある。経営学の本なんだけど、一言でいうと 外部環境が変わってもゆらぐことのない、論理的で一貫した物語を描き、それを追い続けられるかどうかが、生き残りのポイントである…

はじめました

研究者は情報発信が肝心!ということで、ブログはじめてみました。ちょいちょい更新する感じで、とりあえず飽きるまで続けてみます。 研究に関連して起こったことや、考えたことをまとめていきたいと思います。