駄文です。イメージを知るにはイメージ検索でしょ！ってことで、ググってみた。 研究者 - Google 検索 白衣＋顕微鏡が多い感じ。僕もステレオタイプな研究者として胸を張れる模様。ちなみに「科学者」で調べた結果 科学者 - Google 検索 毛色がかなり変わっ…

前回よりもさらにマニアックなんだけど、備忘で書いておく。 USEARCHでNGSデータを分析するとき、454のMIDタグ付きのリードファイルであれば、前回の方法でそのまま処理できるんだけど、illuminaのリードの場合は、 ①ペアエンドのリードがそれぞれ別のfastq…

細菌の16S rRNAアンプリコンシーケンスの分析を一通り勉強したので備忘で。今回はUSEARCHというパイプラインを使って分析を行うことにした。全体像をまとめると以下の通り。 ①・②がデータをきれいにするステップ、③～⑥がOTUをつくるステップ、⑦・⑧が作ったOT…

次世代シーケンサーで環境中の細菌の組成を明らかにする方法として、16S rRNAのアンプリコンを使ったメタゲノム分析が一般的だ。今主流のilluminaや（消えつつあるけど）454を使った方法だと、シーケンサーのアウトプットのリード長がせいぜい500bpなので、…

先日あった、学生の「研究計画発表会」で自分の研究計画を発表したとき、とある教官から「君の研究のBig Questionは何だ？」という質問をうけ、不意打ちだったのでうまく答えることができず、その後色々と考えていた。以前にも書いたけど、研究者として、ず…

僕の分野に近いところだけの話なのかもしれないけど、会社を辞めて研究の世界に戻ってきて、「研究者ってもっと自信満々でもいいんじゃないの？」と思うことが多々ある。というか、謙虚すぎるのでは、と感じる。 クラスで一番勉強できるやつをみて「あいつと…

論文書くのに英語での特殊記号の入力にイラついているので、よく使うやつの簡単な出し方の備忘。２文字入力→「Alt+X」で入るので、いちいちフォントを変換するよりも早い。 入力したい文字 読み方 入力方法 ° 度 b0→Alt+X µ マイクロ b5→Alt+X ± プラスマイ…

トリプル台風が来る前に月例の琵琶湖調査。水温は23.1℃で先月と大差ないけど、透明度は4.8 mでかなり低くなった。 植物プランクトンは、Staurastrum, Ceratiumのほか、Aphanocapsaなどのラン藻を含めて、小型でコロニーを作るタイプが増えてきた。栄養塩が枯…

5日間の学会ラッシュも今日が最終日。NGSって本当にあらゆる分野で、爆発的な勢いで新発見を生み出していると感じた。別件のついでで急遽行くことにしたのだけど、参加してみて良かった。次はちゃんとデータを揃えて発表したい。 今日の個人的ハイライト、以…

今日は昨日以上に近い分野の研究発表が多く、有意義な1日だった。学会で他の研究者と話すことのメリットって、大きく３つあると思う。 ①自分の想像の上限が引き上げられる ②研究の問題設定の明確化・精緻化ができる ③知見を交換し、コラボ研究の可能性を模索…

今日からはバイオインフォ周りの情報収集を目的に、つくばでやっている「NGS現場の会」という学会に参加。今日は初日なので半日だけだったけど、規模も大きくて、勢いのある学会ってこんな感じか！という熱気が伝わってきて楽しかった。 僕の研究では、環境…