yokaのblog

琵琶湖で微生物の研究してます

帰国しました

2か月半の海外生活から帰ってきた。出発前は「一人で飛び込んで行って、果たして相手をしてもらえるのだろうか」という不安でいっぱいで、「迷惑をかけたり、嫌な目にあったりせずに無事に帰ってこられればそれでいいや」というくらい弱気だったのだけど、終…

チェコ・イタリア滞在

スイス滞在も残り1週間。毎日が新しいことだらけで、本当にあっという間に時間が過ぎるし、色々と経験できている。今回の滞在をサポートしてくれている京大教育研究振興財団には改めて感謝したい。そんなこんなであまりに慌ただしい毎日でだいぶ時間が経って…

SAME15@ザグレブ

ザグレブで開催されていたSymposium on Aquatic Microbial Ecology (SAME)に参加しておりました。 この学会は2年に1回の頻度でヨーロッパで開催されていて、前回のウプサラ大会、それからその2回前の2011年のロストックでの大会に引き続いての参加。この学会…

湖岸の研究所

チューリッヒに到着して1週間。少しずつ慣れてきて、具体的な研究の話も進みはじめた。自分がこれまでやってきた仕事を見せて最先端の研究者達からコメントを貰えることで、自分の研究のレベルを客観的に知ることが出来るし、何よりも鳥肌が立つくらい楽しい…

修行してきます

関西空港におります。 これから11月2日まで、2ヵ月半ほどヨーロッパに滞在予定。早めに海外に滞在して研究する経験を積んでおきたいと2年くらい前から画策していたのだけど、今回有難いことに京都大学教育研究振興財団から渡航費用を支援いただけることにな…

淡水湖の深層に生息する細菌たち

新しい論文が公開されたので紹介。 ざっくりいうと、 淡水湖の深水層がオモロイ細菌の宝庫であることを報告 した論文。 僕は修士時代の研究で、琵琶湖深層に独特の細菌系統「CL500-11」が大量に生息していることを報告した。それ以降、 淡水湖の深層は未知の…

学生最後の1年

今日から新年度、博士課程も残り1年を切った。会社を退職して研究に戻ってきて2年、ここまでは研究の勘を取り戻すことに必死だったけど、だんだんこの生活が当たり前になってきて、良い意味でも、悪い意味でも、緊張がほぐれてきた気がする。 研究に戻って…

2月琵琶湖

今日は琵琶湖調査の日。昨日までの大雪で北湖は沿岸から真っ白。今年は去年よりも雪が多くて寒いように感じる。 全層循環が完了して、表層から深層まで酸素たっぷり、水温は表層から湖底まで7.9℃で均一な状態。透明度は7.9mと高くなっていて、ずっと優占して…

1月琵琶湖 もうすぐ全循環

2017年の琵琶湖初め。先週末から続いていた冬の嵐で延期が続いていたけど、ようやく出ることができた。朝の気温は−3℃。船着場はスケートリンク状態で、ロープが凍った雪に埋まってしまっていた。 比良山も真っ白。12月に雪が少なくて苦戦していたスキー場も…

seqkitを用いたFASTAのフィルタリング・ソート

世の研究者たちはFASTAファイルのハンドリングにはどのようなツールを使っているのだろうか。 長さでソートしたい 特定の文字列を持つものだけ抽出したい 名前だけ抽出したい 名前を置換したい/通しで付け直したい でかすぎるファイルを分割したい ランダム…

琵琶湖納め

今年最後の琵琶湖に行って来ました。今回はとにかく量が必要で、なんと60Lの採水。琵琶湖を60kgも軽くしてしまった。 気温7.7℃、水温11.6℃。透明度は5.5mとまだ低くて、緑藻のブルームが続いている。20µmのプランクトンネットをひくとあっという間に真緑に…

12月びわこ

今日は月例の琵琶湖の日。車も地面も凍り付く朝。比良山も白くなっていた。 表層水温は13.1℃、透明度は5mで緑藻が多い様子。前日の嵐のおかげか、表層から水深40mまで綺麗に水が混ざっている状態だった。全層循環までもう少し。しかし湖上は寒い・・・

RNAmmerのインストール

FASTA形式のDNA配列からrRNA遺伝子を探してくるRNAmmer、元論文は2000回近く引用されていて、広く利用されているソフトだ。少量のシーケンス(1万配列、1000万塩基まで)であれば、ブラウザ上から直接配列を投げてサイト上で解析することもできて便利。RNAmmer…

11月びわこ

今日は月例の琵琶湖調査。 気温14.7℃、水温15.9℃、透明度は5.5m。深層の細菌密度は1.0×10^6 cells/ml, ウイルス現存量は2.0×10^7 particles/ml。水温躍層は30m付近まで下がってきていて、昨年よりも確実に冷えるのが早い。去年が暖冬だったおかげで深層の水…

系統地理ワークショップ@京都

京大のセミナーハウスで行われていた生物群横断系統地理ワークショップなるイベントに参加してきた。僕の研究では「なぜ同じ系統の細菌が世界中の別々の湖に共通して生息しているのか?」という疑問があって、他の生物の研究から何かヒントは得られないか、…

微生物生態学会@横須賀

微生物生態学会@横須賀に参加。この学会は、一番僕の研究分野にフィットした学会であると同時に、ものすごく守備範囲の広い学会でもある。感動するくらいマニアックなレベルで自分の研究を評価してくれる人もいる一方で、大多数の研究者は僕のポスターの前…

研究者は芸術的な職業かもしれない

最近ずっと論文を書いている。自身3本目の論文で、博士課程の研究のメインの成果になりつつも、僕の今後の研究のベースにもしたいと思っている論文だ。今回は計画段階から練り込むことができた研究なので、なかなかこだわりの強い内容に仕上げられたと思う。…

10月びわこ

月例の琵琶湖調査に行ってきた。今朝の気温は13℃。そろそろ深層の水(8℃)を触っていると手がかじかんでくる季節。クーラーボックスの保冷材の数を減らせるのはいいのだけど。 水温は23.0℃、透明度はさらに下がって5.5mで、湖も実りの秋。まだ水温が高いのか…

専門分野をもつことで興味の対象が広がる

これまでの人生で進路に迷った時、僕は常に「つぶしのきく」ほうを選ぶようにしてきた。自分は何が得意で、何か好きなのか。どの道が先まで続いていて、どの道が途中で途切れているのだろうか。やってみなければ分からない。分からないのであれば、選択肢は…

9月琵琶湖その2

琵琶湖に行ってました。先月から一変、ひたすら雨が降り続けたおかげで洗堰も久しぶりの全開放流で、湖の水もかなり入れ替わった模様。 水温25.0℃、透明度は6.0mで秋の植物プランクトンの季節になってきた。最近調査・出張に行き過ぎて実験・論文が進んでい…

9月琵琶湖その1

今日は琵琶湖に行ってきた。琵琶湖に行く日はずっと晴れていたのだけど、今日は久しぶりの雨。 雨の影響か表面水温はだいぶ下がって26.5℃。透明度も6.4mまで低下していた。 船上濾過システムもかなり改良が進んできて、採水から20分で10L の水を処理できるよ…

本栖湖・西湖調査

富士五湖の本栖湖(水深121m)・西湖(水深71m)の深層の水を採りに調査に行ってきた。 年々きれいになっていく本栖湖、今回の透明度なんと20m↓ 透き通った湖は海の色ともまた違う、不思議な色をしていた↓ 続いて西湖へ。手漕ぎボートだったので最深地点にた…

ISME@モントリオール

カナダのモントリオールで開催された国際微生物生態学会(ISME)に参加してきた。街の中心部にあるカラフルでおしゃれな会議場で開催。 今回はラボからは自分一人の参加だったのだけど、1年ぶりに会った海外の研究者や、現地で会った日本人研究者と一緒に行…

8月びわこ その2

今日は今月二回目の琵琶湖。ここ最近台風や豪雨もなく、ずっと猛暑が続いていたので、あらゆるものが「真夏の琵琶湖の最強版」になっていた。 まず船着き場についてすぐに目についたのがアオコ。水の動きが少ないと発生しやすいと言われているけど、ずっと雨…

水圏微生物研究フォーラム

「水圏微生物研究フォーラム」なる集会に参加するため、関東出張してました。 水域の環境微生物の研究者のための集会で、昨夏に参加した国際学会のSAME (Symposium on Aquatic Microbial Ecology)の国内版という感じ。招待講演のメンバーを見た瞬間に「こん…

8月びわこ その1

今月は2回琵琶湖に行く予定なので、早速1回目を済ませてきた。 穏やかな夏の朝・・・かと思ったけど、やっぱり日が昇ると暑い。9時の時点で気温は29.7℃、水温は28.1℃。透明度は7.9mまで伸びて、「溶存有機炭素(DOC)豊富、栄養塩(N・P)欠乏」の典型的な真…

初稿という既成事実

月例の調査やサンプル処理は進めつつも、最近はデスクワーク中心の毎日。次の論文に載せるデータを作りながら、そのデータを使って来月の国際学会での発表ポスターを作成中。 前回の論文はかなりスピード重視で書いたけど、今回のはあえて焦らずに分析を深め…

7月びわこ

今日は琵琶湖調査の日でした。ちょっと波風があるけど、良い天気。 気温28度でまだマシな暑さ。水温は26度、透明度は6mに増えて、水中も真夏モードに入りつつある。 いつもは深層ばかり採水しているのだけど、今回は別の目的で久しぶりに表層から採水。やっ…

琵琶湖に生息する微生物の図鑑

自分の研究の論文が出版されたので、簡単に紹介。 Vertical partitioning of freshwater bacterioplankton community in a deep mesotrophic lake with a fully oxygenated hypolimnion (Lake Biwa, Japan) - Okazaki - 2016 - Environmental Microbiology R…

RによるNMDSを用いた微生物群集構造解析

今日も解析で苦労したので備忘メモ。 ※今後、自分の理解に合わせて勝手に加筆・修正するかもしれません。 以下のものは「とりあえず動かすところまで」を目標に書いたものです。もし間違いがあった場合はご指摘くださると有難いです。 なお、今回勉強するに…