yokaのblog

琵琶湖で微生物の研究してます

あと何本論文が書けるのか

 いろんなことに手を出しすぎて手に負えなくなってきている感があると感じる。限界を作るとその限界までしか出来なくなってしまうからできるだけ限界は作りたくないと思っているけど、出来ないことを出来ると思い込んでしまうことには不幸しかない。自分が今やっていることは想像以上に複雑で大変で時間がかかることだと自覚しないといけないのかもしれない。

 今やっている仕事をまとめるのですらこんなに大変で時間がかかっているのに、今後、構想している研究計画の一体どこまで手を付けられるのだろうか。学生の頃は「あれもこれも面白そう」で色々勉強して可能性を広げることに夢中だったけど、こうして実際に成果をまとめるのに必要な労力や時間を実感すると「1回の研究者人生で出来ることって本当に少ししかないのだな」と思う。

 そう考えると、新しいテーマに手を出すのにはかなり慎重にならないといけない。「面白そう」とか「論文になりそう」という程度の理由で目の前のトピックに飛びついていたら、面白くて分かってないことだらけのこの世界では、人生が何回あっても足りない。自分が持っているデータや、自分の能力や可能性、残された時間を総合的に考えて「どれが本当に一番面白くて意味のある問題なのだろうか」ということをしっかり考えたうえで、自分のリソースを投入しなければならない。

 そういう意味で、「自分はあと何本論文を書けるのだろうか」という思考から出発して、自分のやることを考えるべきなのかもしれない。年に1本のペースで1stの論文を書き続けるとして、自分が30代の間に書けるのはあと10本だ。その10本をいかにして面白くて意味のあるテーマに捧げるべきか。そう考えると、ふと「これ面白そう」と思いついた程度のテーマに気安く手を出すべきではなく、それにリソースを割くことによって失われる多くの可能性のほうに目を向けたうえで、「本当にこれは我が研究人生を代表する論文の一つにふさわしいテーマか」ということをじっくり考えなければいけないのだと思う。

 本当に、人生でできることは思っていたよりちょっとしかない。自分の限界を認めないほうが良いのは若い間だけで、残りの人生の戦略をしっかり立てるためにも、冷静に自分の限界を設定すべき年齢にもうなっているのだと思う。

 ・・・とここまで書いて「やっぱり自分は研究者らしくないな」と思う。そこに興味や情熱がないからだ。本当に自分の研究対象が好きで、そこに強いこだわりがあるのなら、こんなことを悩まなくとも今自分がやっていることに自信をもって取り組めて前に進んでいけるはずだ。僕は結局「研究」という行為やシステムが好きだ(というより「向いている」)から続けているのであって、研究対象自体にそこまで愛情や情熱があるわけではない。テーマが何であれ、研究ができるのであれば僕はそれを楽しめると思う。だから、最近改めて見せつけられている研究業界で生き残る難しさと、最近の自分自身への研究テーマや将来への自信の無さが組み合わさって、ついこういう厄介なことを考えてしまう。

3年経った

無事学位を取得しました。これで僕は学部・修士・博士と3回京都大学を卒業したことになる。途中で3年間会社員生活を挟んでいるけど、2006年に入学したのはもう12年も前で、本当に長い時間が経ってしまったのだと感じる。学位授与式の最後に「今日は本当におめでとうございました」と締めくくられて皆が席を立った瞬間、「これでもう大学で学生としてやれることは本当に何も残されていないのだな」ということを少し感慨深く感じて、つい「終わった・・・」と声が漏れてしまった。

 これまでの人生、僕は常に3年刻みで環境を変えて生きてきた。中学3年、高校3年、大学学部3年(京都)、研究室配属~修士まで3年(滋賀)、会社員3年(東京)、博士課程を3年(滋賀)、そして次の学振PD(つくば)も最大3年の予定だ。3年というのは自分にとって、納得感を持って次の環境に移るのに必要な期間でもあり、これまでの自分を振り返る節目であるし、今後の自分のことを考え直すきっかけでもある。

 今回の学振PDの受入先は、できるだけ自分の視野を広げることができるよう、あえてあまり専門が近すぎない、かといって違いすぎると意味がないのでちょっとは共通点があるような場所を選んだ。受け入れてくれた方々には本当に感謝しているけど、正直自分の中でもこの選択がどれくらいうまくいくのかは未知数だと思っている。しばらくはこれまでにやってきた自分の仕事の論文を書くので手一杯になりそうだし、今後どれだけラボの特色を生かした仕事やメンバーとの共同研究ができるのか、ここで自分の立ち位置はどうなっていくのかという点については、まだ不安が多い。

 その不安の原因を根本まで突き詰めていくと、結局今自分に余裕がなく、あまり先のことまで考えることができていない、ということになるのだと思う。本格的に環境メタゲノムの研究を始めて、これまでとはデータの量も扱い方も大きく変わった。今まで経験したことのない状況の中で、次々とライバルから論文が出てくるなか、中々分析が前に進まず、論文が書けるのか不安で、焦る日が続いている。

 新しい環境は色々な分野の優秀な研究者がいて、互いに敬意を持って接していて、相談したり刺激を受けたりできる、素晴らしい場所だ。そこで周囲のメンバーと自分を比較し、改めて「これまで自分が面白い・重要だと思って取り組んできた課題は、本当にそれだけの意味があるのか?」「残りの人生でできることは限られている中で、自信をもって取り組むに値するテーマなのか?」ということよく考える。京大から初めて飛び出して、一人自分のテーマを持って来た自分は今、これまでやってきた自分の研究への価値観や自信が揺さぶられていて、その固さが試されていると感じる。

 そんなせっかくの3年という節目にありながら、相変わらず目の前の仕事でいっぱいいっぱいな毎日で「このままではいけない」という気持ちと「とにかく目先の論文書きを終わらせないと何も始まらない」という気持ちが入り混じる中、新しい環境の刺激の多さをまだしっかり受け止め切れていない、というのが引っ越して2週間たった今の現状だ。

もう一歩踏み込んだ研究をしたい

 公聴会を1月に終えてから2ヵ月。しばらく手を付けられていなかった手元のデータの分析に本格的に取り組んでいる。その間にも次々と新しい論文が発表されて状況が変わっていくし、自分のデータからも色々と面白い発見が出てきて、すでに2ヵ月前に公聴会で発表したことが古い情報のように感じる。世の中が速くなりすぎたのか、単に自分が遅すぎるのか分からないけど、相変わらず「追いつくのに必死」な毎日だ。それでも少しだけ、世の中のスピードよりも自分が追いつくスピードのほうが速いような実感もあって、ちょっとずつ「論文になっていない本当の最先端」に近づきつつあるような感触もある。本当に「追いついた」と自信を持って言うにはまだ何年もかかりそうだけど。

 自分の研究の蓄積も増えてきたことがあって、他の研究者との情報交換や共同研究の機会も最近増えてきた。そこで気付かされるのが「もう一歩先に行こうとする貪欲さ」だ。僕はこれまで発表してきた論文に記載的な研究が多かったこともあって、「これで十分な論文にできる」と感じるハードルが低くなっていたのかもしれない。自分が設定した研究のゴールに対して、共同研究者から「そのデータがあれば、もう少し分析を深めて、もっと面白いことが言えるんじゃないか?」という提案をもらって「確かにその通りだな」と納得することが数多くあった。前回の記事でも書いたけど、学位とか就職のために「とにかく成果を論文にしなければ」という思いが先行しすぎて、「もう一歩先を見ようとする貪欲さ」を忘れてかけていた、もっと言うと、無意識的にその面倒な作業を避けていたのかもしれない、とも思う。学位もとれたし、就職の不安も短期的には無くなった今、自分も意識を変えて

論文になる成果が出るのは当たり前で、そこから一歩先、その先にどれだけ踏み込めるのか

が重要なのだと自覚しなければと思った。

 ただ、そうはいっても自分はまだ3本しか1stで論文を出せていないし、まだまだ「論文が出せるのなんて当たり前」と言えるようなレベルにはない。自分が扱っているデータが巨大で複雑になってきたこともあるのかもしれないけど、むしろ「論文を書くのってこんなに大変だったっけ?」と思わされることの方が最近多かったりする。でも、だからこそ、せっかく書く論文一本一本のテーマをしっかり吟味したうえで(無駄打ちしないようにやらないことを選んで)、徹底的に踏み込んだ内容にすべきなのだと思う。

 3年勤めた会社を辞めてから3年が経って、研究に戻ってからの期間のほうが長くなった。もはや会社員だった自分を想像することも出来なくなってきているけど、改めて思い返すと、僕が会社員を辞めた理由の一つは「こだわり抜くことが正解にならないことが多い」ということだった。費用対効果が求められるビジネスでは当たり前の事なのだけど、必要とされる水準以上にこだわって深掘りした成果は、本人の納得感と引き換えに生産性を下げ、時には損失や害悪にもなる。一方、研究で過剰品質が問題になることはない。どれだけ深掘りして、徹底的に納得いくまでこだわって出した成果であっても、それがちゃんと評価される。そのことを、これまでの自分の短い研究キャリアの中ですら何度も目の当たりにしていて、自信を持って実感できている。

 せっかく「こだわることが許される」業界にいる。だから、もっと自分の成果にこだわりを持たないともったいないと思う。つくばに引っ越してきて、来週から新しい環境で研究をスタートさせることになる。これを機に自分の気持ちも新たにして「もう一歩踏み込んだ研究」が出来るように頑張りたい。

「自分が本当に明らかにしたいこと」は何か?

博士論文提出と公聴会を終え、8月の海外渡航以来ずっとバタバタしていたのがようやく一段落。溜まっているデータを論文にする作業にようやく手を付けている。次の論文を出すまでに時間がかかりそうなことは想定済みのことではあったけど、1年近く論文が書けていない時期が続いていたので、ここからはペースを上げていきたい。今はスイスでやった小ネタと、去年の夏に学会発表した琵琶湖ウイルスの大ネタ、それにPacBioを使ったアンプリコンシーケンスの新ネタの3本の論文を優先的に進めている。琵琶湖メタゲノムに関しては仮説を検証する実験の準備を進めているところで、アルプスの湖や池田湖・富士五湖で採ってきたサンプルのメタゲノムも、もうじきシーケンスデータが上がってくる。ラボのプロジェクトで進めている国内外の湖の追加調査でも論文に出来そうな結果が得られているのだけど、全然手が付けられていない・・・この1年は、新しいことをするよりも、進行中の仕事を終わらせてアウトプットを出すことに注力したいと思う。今年は論文がたくさん出せる年になりそうだ。

 ただその一方で、これからは「量よりも質」の姿勢をもっと出していかねばならないとも最近思う。その背景には、今自分が手を出している仕事の量があまりに多くて、一つ一つ丁寧にこなしきれていない自覚があるということもある。だけど一番大きな要因は、4月からのポスドクのポジションが得られて一安心できたことにあると思う。思えばここまでの研究生活、「早く良い論文を出すこと」で常に頭が一杯だった。もちろん、質の高い研究をしてきた自負はある。だけど、その研究は

いかに「効率よく」良い論文を出して生き残るか

という動機に支配されていた。特に僕は「頑張ったもの負け」だった会社員の世界から研究に戻ってきたこともあって、

効率良く成果を出す努力が業績という形で評価されて生き残りに直結する

というシステムの明快さそのものを楽しんでいたところすらあったように思う。だけど今、いよいよ学位を取って、任期付きではあるけれど研究者として認められて職が得られて、生き残れるかどうかの心配が少しだけ頭から離れるようになって、改めて考えるのは、

生き残りゲームで生き残るために研究をしているのではない。何のために研究をしているのだっけ?

ということだ。元々自然が好きだったとか、物事を根本から突き詰めて考えるのが好きだったとか、自分が研究に求めていたモノがあったはずなのに、いつの間にかそういう目的を思い出せなくなってしまうくらい、生き残ること、つまり効率的に論文を出すことが目的化しまっていて、論文にしやすい研究、論文にしやすいストーリばかりに目が行くようになっていたように思う。この夏の国際学会でポスター発表をしたとき、とある大物研究者から「君はその研究を楽しんでいるのか?」という質問をされて、「もちろんです、なぜそんな質問をしたのですか?」と聞き返して「いや、聞いてみたかっただけ」と言われるやり取りがあったのだけど、もしかするとあの時「成果を上手く魅せる」ことに必死だった自分が見透かされていたのかもしれない、と今になって気が付く。いつの間にか、自分のやりたいこと、知りたいことを純粋に追いかけているとは言い難い状況になっていたように思う。

 もちろん、お金を貰って研究している以上は仕事であり、成果を出す必要があって、論文にならない無計画な研究や、ビジョンの無い趣味のような研究をしても良いということではないと思っている。「お金がもらえるのは当たり前ではなく、そこにもっと責任とプライドを持つべきだ」という研究に戻ってきた当初に感じた違和感はずっと持ち続けておきたい。

 でもじゃあ、「研究者は何に対してお金を貰っているのだろう」ということを考えると、それは「明らかにすべきことを明らかにすること」に対してであるはずで、「論文を量産して生き残ること」に対してではない。知りたい真実に迫るために必要なのであれば、それがたとえ論文になりにくい道であっても、進まなければならない。成果は目的ではなく、真実を明らかにするための手段でなければならない。そして、手数をかけて真実に迫った研究はちゃんと評価される。幸いにも、今はそれを信じられる。だから、加熱しすぎた業績への執着を冷まして、忘れかけていた「自分が本当に明らかにしたいこと」を明らかにするために、もっとこだわって、もっと楽しんで、研究を進めるようにしていきたいと思う。

 先にも書いたけど、論文という客観的な成果でパフォーマンスが評価される研究者は、努力が正直に報われる蓋然性が高い、すばらしい職業だと僕は思っている。ただ問題はあまりの競争の厳しさに、生き残ることで頭がいっぱいになってしまうことだ。そして激しい競争の末に運よく生き残ったとしても、そんなに良い待遇が得られるわけでもない。僕は会社員を経験して、世の中で「どれくらいの能力があり、どれほどの成果をあげている人が、どのくらいの給料を貰っているか」という例を色々と見てきたけど、(基礎研究の)研究者ほど能力や成果に対して対価が低い職業はなかなか無いと思う。まぁ実際に儲からない(儲かるかどうかわからない)ことをやらせてもらっているのだし、誰かが辞めたところで、同じ給料で働きたいという人は山ほどいるのだから、それはしょうがないことだ。でもだからこそ、考えなければいけないのは、

こんなに儲からなくて厳しい環境で仕事をしているのだから、どうせならデカいことをしなければならない

ということだと思う。夢中になるべきは、目先の生き残りゲームではなくて、人生を賭して追いかけているはずの「自分が本当に明らかにしたいこと」であるはずだ。

Rでのtsv読み込み、eps書き出し

何度もやっていることなのに久しぶりにやるといつも忘れているので備忘で書いておく。


色々な宗派があるけど、僕はRで論文のFigを作る時、tsv(タブ区切りテキストテーブル)で保存したデータで図を作って、epsで保存するようにしている。

■tsvをデータフレームとして読み込む方法

read.delim(file="ファイル名.tsv", sep="\t",
           header=T       #1行目を列名として取り込む場合
           row.names=1    #1列目を行名として取り込む場合
           )

■データフレームをtsvに書き出す方法

write.table("データフレーム名", file="ファイル名", sep = "\t", 
             na="",        #NAを空白にしたい場合
             row.names=T, col.names=NA   #列名・行名を残す場合
             quote=F  #ダブルクォーテーションを出力しない
             )

■作図結果をepsで書き出す方法

graphics.off() # 不要な作図デバイスが残っているとエラーになるので消しておく
postscript(file="ファイル名.eps",
           width=15, height=10) #図のサイズ・縦横比を固定

#######################################
###############作図の関数###############
#######################################

dev.off() #作図デバイスを閉じる

ちなみにこの方法だといちいち出力したepsを開かないと図を確認することができないのだけど、postscript()のところを

win.graph(width=15, height=10)

と変えれば指定したサイズのウィンドウが立ち上がるので、アウトプットを確認しながら作業を進めることができる(windowsの場合)。

Figの縦横比は後でIllustratorとかで変えようとしてもレイアウトが崩れることがほとんどなので、 書き出しの段階で固定しておいたほうが良い。それと、もしFigをpdfで出力する場合は慎重にやったほうが良い。プロットのポイントがオブジェクトではなく文字「●」で出力されることがあって、フォントの設定によっては、編集しようとIllustratorで開いた瞬間に点の位置がわずかにずれるということが起こる。ほとんどのジャーナルはFigをepsで投稿することを推奨しているので、できるだけepsで出力して、epsのまま編集したほうがいいと思う。

池田湖調査

 鹿児島県の池田湖に水を採りに来ている。調査日はたまたま寒い日で期待していたような暖かい天候ではなかったけど、この時期でも湖の表層の水温が18℃もあって、水温躍層がまだ25mで、やはり南国の湖なのだなと感じた。

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 最大水深は233m。もちろん今回も深層の水がターゲットで、この水深だと手で採水するのはタフすぎるので、電動リールを使って採水を行っている。

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 池田湖は水深が深いことと、温暖な地域に位置することから、水が深層までしっかりと混ざらず、水深150m以下は貧酸素状態になっている。躍層直下の50m付近はしっかりと酸素があるので、鉛直的に水を採ることで、様々な溶存酸素濃度の深水層をターゲットにすることができる。これまでの研究で好気的な層ではCL500-11やMGI(アンモニア酸化古細菌)など、おもしろい細菌が優占していることが分かっていて、今回はさらに採水量を増やして彼らのメタゲノム分析を行うとともに、前回は調査できなかった、微酸素・貧酸素の水層まで調査を行うことが目的だ。池田湖は有酸素の深水層が出現する湖としては温暖な地域にあって、深水層の水温(11~12℃)も他の湖と比べるとかなり高い。今回得たサンプルは早速年度内にシーケンスにかける計画になっていて、前回得られなかった貧酸素層の細菌群集の分析や、他のより寒冷な地域にある湖との比較によって、生態・進化的に面白い発見ができないかと考えている。結果に乞うご期待です!

帰国しました

 2か月半の海外生活から帰ってきた。出発前は「一人で飛び込んで行って、果たして相手をしてもらえるのだろうか」という不安でいっぱいで、「迷惑をかけたり、嫌な目にあったりせずに無事に帰ってこられればそれでいいや」というくらい弱気だったのだけど、終わってみれば、当初想像できてなかったくらいに楽しくて、有意義で、成果のある滞在だった。

 それもこれも、理由はとにかく「みんな良い人だった」ということに尽きる。僕は日ごろから

『何をやるか』よりも『誰とやるか』のほうがモチベーションや成果に直結する重要な要素である

ということを考えているのだけど、今回もまさに、優秀で暖かい人達と仕事できたことで、慣れない海外生活のストレスを相殺して有り余るくらいに快適に過ごさせてもらうことができた。研究所のボス、一番お世話になったラボリーダー、ポスドク、博士・修士の学生たちまで、みんな頭が良くて親切な人ばかりで、申し訳なくなってしまうくらいに色々教えてくれたし、色々やらせてもらえた。

 もちろん海外だからといって、全てのラボがこういう雰囲気であるということはないだろうし、海外にだってブラックなラボはあるだろう。なので「海外は良い」といって一般化するつもりはないし、今回良いラボに巡り合えたのは幸運だった思う。ただ一つ、現地の色んな研究者と話していて共通して「日本と違うな」と感じたのは、学生からマネージャーまで、みんなもっと仕事(=研究)のほうを真っ直ぐ向いているな、ということだった。その点、日本の研究者は仕事以外にも様々な方向を向きながら仕事をしている(しなければいけない)から、効率が悪いのかなとも思った。でもその一方で、効率的な分業体制を回すためにテクニシャンを常に雇い続けなければならない大変さがあったり、博士課程の学生は給料を貰っている分だけ日本の学生よりもプレッシャーや義務が多かったりで、裏には難しい面もあるのだなということも感じられた。だから僕は「海外が良い、日本はダメ」という意見にはならなかった。

 今回の滞在の大きな目的の一つであった「海外で研究して生きていくことがどういうことか経験してみたい」という点については、自分なりの解を得ることができて、

海外でも全然快適に仕事ができる、だけど別に海外が日本より全てが優れているとは思わない、そして文化や食事のことを考えると、海外にずっと住むというのはなかなか難しい

という風に思った。また、

日本という国は地理的にも文化的にも想像以上に個性があって、国際的な関係の中でも、自分はそれを活かした関わり方をしていきたい

とも思うようになった。なので、今後も海外のチームと共同研究を進めていきたいと思っているけど、「海外のチームに合流して成果を出す」というより「海外のチームとは距離を保ちながら日本から独自のアプローチで貢献する」という方法のほうが、自分を活かせて面白いのではないかと感じた。なので、特に何もなければ日本でそのまま研究を続けていたいと思った。ただ今後数十年のスパンで見た時、この国に何が起こるかは誰にも分からない。そういう意味で、海外で研究することへの抵抗が無くなって選択肢を広げることができたというのはとても良かったとも思う。

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 研究成果も想像以上に得ることができた。特に滞在先のラボが開発した「高スループットFISHシステム(写真)」をフルに生かした研究をすることができて、ヨーロッパの7つの大水深湖(うち2湖は周年時系列サンプルあり)の鉛直サンプル合計350枚ものFISHフィルターを処理することができた。しかも全ての湖で仮説通りの結果が得ることができ、このデータは早速論文として投稿する話になっている。また、Zurich湖とMaggiore湖についてはメタゲノムの鉛直サンプルを得ることができて、こちらも年度内にシーケンスの結果が得られる予定だ。これらの成果を交えて、日本に帰る直前にセミナー発表もさせてもらえたのだけど、同分野の研究者が集まっているので、前提知識の説明なしにガンガン最先端の議論が出来るのは非常に楽しかったし有益だった。

 というわけで、とにかく想像以上に楽しくて有益で刺激に満ちた2か月半だった。ただこれだけ楽しかったのは「今は海外生活をできるだけ楽しもう」という意識があって、日本にいるときほどシビアに自分を追い込んでいなかったからだというのもある。ここからは博士論文の準備もしなければならないし、論文にしなければならないデータも山ほど溜まっている。もう一度日本の時間感覚に戻して、引き締めていかなければならないと思う。

 最後にもう一度、今回の滞在を支援してくれた京大教育研究振興財団に感謝したい。ここに採択されるまでにいくつかの海外渡航支援金に応募してダメだったけど、今回採択してもらえて、本当に人生が変わるほどの貴重な経験をさせてもらえた。きっちり成果を出してお礼をしたい。